Hogyan lehet minimalizálni a hibákat a keresztkötési tömegspektrometriában

A keresztkötésű tömegspektrometria (XL-MS) mérföldkőnek számító nemzetközi tanulmányokat hajtott végre – az emberi nukleáris póruskomplex integratív feltérképezésétől a proteomszintű, sejten belüli elemzésekig MS-hasítható linkerekkel, mint például a DSSO, és a gyors SARS-CoV-2 fehérje kölcsönhatási munkával. Az alkalmazások kiterjednek a szerkezeti biológiára és az integratív modellezésre (a krio-EM/NMR korlátozásai), a natív interaktomikára, a kvantitatív konformációs dinamikára (QCLMS), a kromatin / RNP architektúrára, az epitóp- és interfésztérképezésre a biológiai gyógyszerek számára, valamint a hatásmechanizmusi vizsgálatokra a virológiában és a gyógyszerkutatásban. Az XL-MS kiegészíti a klasszikus módszereket azáltal, hogy a távolsági korlátokat megoldásban, sőt in situ rögzíti, lehetővé téve a rendszerszintű szerkezeti betekintést.

(A SARS-CoV-2 közötti kölcsönhatás molekuláris mechanizmusa

Gazdasejtek és intervenciós terápia | Jelátvitel és célzott terápia)

A keresztkötésű tömegspektrometria (XL-MS) hatékony módja a fehérje-fehérje kölcsönhatások feltérképezésének, mégis sok laboratórium még mindig hamis pozitív eredményekkel küzd, amelyek elhomályosítják a valódi biológiát és lassítják a döntéseket. A Longlight Technology-nál a problémát a forrásánál kezeljük – szoros kémia, megismételhető előkészítés és átlátható elemzés –, így megbízhat az Ön által készített térképekben.

1) Miért történnek hamis pozitív eredmények? – és hogyan kúsznak be

A hamis pozitív eredmények ritkán kezdődnek a szoftveres szakaszban. A kispadról kezdenek. A túlzott keresztkötés a fehérjéket nem fiziológiás párosításokba kényszeríti. Az aluloltás reaktív csoportokat hagy maga után, amelyek folyamatosan kapcsolódnak a minta kezelése közben. A sietett vagy következetlen enzimemésztés peptidfajokat hoz létre, amelyek valódi keresztkötésnek álcázzák magukat. Adjon hozzá összetett mátrixokat és a keresési tér léggömbjeit, így a határvonal spektrumok meggyőzőnek tűnnek.

A mindennapi valóság növeli a kockázatot. Egy puffer kissé előkészítve. Egy 5 perces oltás. Más enzimtétel. E tévedések egyike sem tűnik drámainak önmagában, de együtt a hibák felé tolják a keresztkötésű tömegspektrometriát. Az eredmény egy olyan adatkészlet, amely gazdagnak tűnik, de órákig tartó osztályozást igényel, hogy megtalálja azt, ami igazán számít.

E buktatók ellenére az XL-MS egyedi erősségekkel rendelkezik, amelyeket nem akar tompítani. A tömegspektrometriával párosuló kémiai térhálósodás stabilizálja a komplexeket az elemzés előtt, megőrzi a rövid életű vagy gyenge kölcsönhatásokat, és térbeli támpontokat ad a fehérjék elrendezéséről és kapcsolatáról. Támogatja a szerkezeti proteomikát, sejtekben is elvégezhető, és nem igényel speciális címkéket. A cél nem a módszer lelassítása – hanem a zaj eltávolítása a sebesség elvesztése nélkül.

✅ Gyakori fájdalmas pontok, amelyeket látunk

• A minta előkészítése során kialakult nem specifikus keresztkötések

• Alacsony bőségű keresztkötések, amelyeket bőséges peptidek temetnek el

• Hiányos vagy egyenetlen emésztés, amely tárgyakat hoz létre

• Széles körű keresések enyhe szűrőkkel párosítva az adatelemzésben

Ezek a problémák rendszernézettel oldhatók meg, nem pedig egylépéses javítással.

2) Hosszú fény‘s Rendszerszemlélet a téves pozitív eredmények csökkentésére

A mi perspektívánk egyszerű: a térhálósodó tömegspektrometriát összekapcsolt láncként kezeli – kémia, előkészítés, kimutatás és értelmezés. A kereszthálózási tervet az Ön biológiai kérdése és mintatípusa köré tervezzük, majd a feltételeket szorosan, dokumentálva és megismételhetően tartjuk.

✅ Gazdagítás, amely RNyugalom STermészetes Egyökör NOise

A térhálósított peptid definíció szerint ritka. Hangsúlyozzuk a szelektív dúsítást az emésztés után, hogy növeljük annak arányát, mielőtt a műszer valaha is meglátná a mintát. A tisztább bemenetek csökkentik a kétértelmű azonosításokat, és csökkentik a hatékony téves felderítési arányt. A hatás praktikus: nagyobb magabiztosság kevesebb kézi mentéssel a folyó mentén.

✅ Öt HMegkérdőjelezi, hogy Compound CKarcsúbb DAta

• Kezdje egy kérdésvezérelt kereszthivatkozási tervvel, ne egy egyméretű protokollal

• Szabályozza a csatlakozást, a hőmérsékletet és a kioltási ablakot ugyanazzal a fegyelemmel minden futáskor

• Standardizálja az emésztést és a tisztítást a peptidek hasonmásainak korlátozása érdekében

• Használjon célzott dúsítást a térhálósított peptid hozamának növelésére az SM előtt

• Állítson be és dokumentáljon elemzési küszöbértékeket a tanulmányi célokhoz kötve, majd tartsa be azokat

Ez a tudományág megőrzi az XL-MS győzelmi feltételeit: nagy áteresztőképesség, intracelluláris alkalmazhatóság és nincs speciális címkézés. Ha egy szerkezethívás számít, javasoljuk, hogy párosítsa a keresztkötésű tömegspektrometriát olyan ortogonális módszerekkel, mint a krio-EM vagy a röntgenkrisztallográfia. A kombináció szűkíti az egyes technológiák értelmezési kockázatát, és segít olyan modellek létrehozásában, amelyeket a csapat megvédhet.

Mi “PRactical“ LOok, mint Ésunk Lki

Nem kérjük, hogy változtass a tudományodon – csak a fontos változók rögzítését. Kap egy időbélyegzővel ellátott tervet, reagensellenőrzéseket és egy rövid listát azokról az ellenőrzési pontokról, amelyeket a technikusok valóban követhetnek. A kimenet nem csak tisztább adatok; Ez egy olyan folyamat, amelyet a következő negyedévben megismételhet új mintákkal és ugyanazzal a magabiztossággal.

CTA: Kevesebb téves riasztást és élesebb interakciós térképeket szeretne? Beszéljen a Longlight Technology-val egy kérdésvezérelt XL-MS tervről, amely megfelel a mintáknak és az ütemterveknek.

(A térhálósodó tömegspektrometria feltárja a nagy sűrűségű lipoproteinek közötti kölcsönhatásokat

és a SARS-CoV-2 tüskés glikoprotein – ScienceDirect)

3) A mintától a jelentésig: Teljes körű XL-MS szolgáltatás, amelyet auditálhat

Szállíthat előre keresztesített anyagokat, vagy segítünk megtervezni a kereszthálózási stratégiát, majd megkapjuk a mintákat. Innentől kezdve csapatunk enzimemésztést, szelektív dúsítást, térhálósodó tömegspektrometriás detektálást és strukturált adatelemzést végez. A zárójelentés egyértelmű módszerekkel mutatja be az interakciós hálózatokat és a keresztlinkeket, így csapata megismételheti, méretezheti vagy integrálhatja más tanulmányokkal.

Mi Ésvagy Rkiszolgálás, Step by Step

Tervezés → térhálósítási stratégia → emésztés → dúsítás → detektálás → értelmezés. Minden lépés ellenőrzőpontokat és jegyzeteket tartalmaz. Ha valami sodródik, láthatjuk, hol és miért. Ez a nyomon követhetőség csökkenti a kétértelműséget, és állandó tűzoltás nélkül egyenletes felfedezési ütemet tart.

XL-MS kínálatunk egy szélesebb termék- és szolgáltatási ökoszisztémában helyezkedik el, amelynek célja a laboratórium előrehaladása. Fejlett eszközökkel, megbízható reagensekkel és a célnak megfelelő fogyóeszközökkel támogatjuk a modern genomikát és proteomikát. Ez a folytonosság számít: minél kevesebb az átadás a szállítók között, annál könnyebb megőrizni a minőséget a projektek között.

A kereszthálós tömegspektrometrián túl lehetővé tesszük a kiegészítő alkalmazásokat, amelyeket sok csapat párhuzamosan futtat. A fehérje-kromatin kérdésekben támogatjuk a ChIP-seq-et, amely a kromatin immunprecipitációt kombinálja a következő generációs szekvenálással, hogy pontosan meghatározza a specifikus transzkripciós faktorok vagy hisztonok által kötött genomiális helyeket. A napi munkafolyamatokhoz fogyóeszközöket és készleteket biztosítunk – előregyártott agaróz gélek, nukleinsav-megfogók, qubitcsövek, nukleinsav-extrakciós készletek és könyvtár-előkészítő készletek –, így a mintavételtől az adatszolgáltatásig következetes szabványokat tarthat fenn.

Miért TEAM-ek Choose Longlight technológia

• Egyetlen partner a kémiához, a munkafolyamat-tervezéshez és az XL-MS elemzéshez

• Világos, auditálható módszerek, amelyek a kísérlettől a gyártásig terjednek

• A genomikát és a proteomikát támogató eszközök, reagensek és fogyóeszközök egy fedél alatt

A kifizetés nem elvont. A kevesebb hamis pozitív eredmény gyorsabb döntéseket, hitelesebb adatokat és kevesebb időt tölt a saját adatokkal való érveléssel. A tudósok a biológiára összpontosíthatnak, nem pedig a triázsra. Az érdekelt felek előrelépést látnak, nem pedig figyelmeztetéseket. És a modelljei kevesebb szerkesztéssel és erősebb bizonyítékokkal folytatódnak a következő programban.

CTA: Készen áll az XL-MS csővezeték meghúzására és a zaj csökkentésére a forrásnál? Lépjen kapcsolatba a Longlight Technology-val, hogy rövid konzultációt ütemezzen. Felvázolunk egy térhálósított peptiddúsítási munkafolyamatot, amely védi a specificitást, felgyorsítja az elemzést, és megkönnyíti a keresztkötésű tömegspektrometriai adatok megbízhatóságát – futtatásról futtatásra.