Komplex minták? Egyablakos ultrahang DNS-kivonáshoz

A DNS-kivonatoláshoz készült ultrahangos készülék a magas frekvenciás akusztikus energiát koncentrálja egy zárt mikrokörnyezetbe. A sejteket lízálja és nukleinsavat bocsát ki zárt, érintkezésmentes környezetben, miközben szigorúan szabályozza a hőmérsékletet a DNS integritásának megőrzése érdekében. Szükség esetén kontrollált akusztikus expozíció is alkalmazható az alsó szakasz szerinti fragmentációra. Heterogén, viszkózus vagy alacsony biomasszájú mátrixokat támogat. Mi teszi lehetővé az ilyen vezérlést és reprodukálhatóságot, és hogyan lehet ez szabványosítani a munkafolyamatot? A részletek és a bizonyítékok a következők.

Mi az egyn Ultrahangátor fvagy DNS kivonása?

A DNS-extrekcióhoz készült ultrahangú rendszer egy fókuszált akusztikus rendszer, amely a nagyfrekvenciás, rövidhullámú hangot koncentrálja egy szigorúan meghatározott mintazónába. Ahelyett, hogy fém szondát merítene vagy általános fürdőre hagyatkozna, a hangszer akusztikus közegen keresztül juttatja az energiát anélkül, hogy érintené a mintát. A közvetlen érintkezés megszüntetésével csökkenti a szennyeződés kockázatát, elkerüli az aeroszolok képződését, és megakadályozza a hővezérelt leleteket, amelyek torzíthatják a töredékprofilokat.

A Longlight Technology-nél fókuszált akusztikus geometriát alkalmazunk, hogy stabil, majdnem izotermikus környezetet tartsunk fenn a feldolgozás során. A minták zárt csövekben maradnak, miközben a pontosan mért ultrahangos energia DNS-darabokat tör vagy sejteket és szöveteket zavar. Ez a zárt cső, érintkezés nélküli megközelítés következetesen szűk fragmentumméretű eloszlásokat és stabil visszanyerést eredményez a futások között. Kihívást jelentő mátrixokkal – biofilmekkel, viszkózus klinikai mintákkal, formalinnal kezelt szövetekkel – ragyog, ahol a régi szonda vagy a vízfürdő szonikáció gyakran nagyon eltérő. Röviden: egy modern DNS-extrekciós ultrahangrendszer gyengéd, precíz kontrollált akusztikát integrál erős következetesgel, lehetővé téve a genomika és proteomika munkamenetek utólagos sikerét.

Globális kutatás egyés bevált felhasználási esetek

A fókuszált ultrahangzásnak mély múltja van a következő generációs szekvenálás (NGS), a kromatin biológia és a mikrobiális azonosító vezetékek terén. Ez a DNS fragmentációjának fő eszköze a könyvtárépítésben, valamint a kromatin nyírásában a ChIP-Seq és kapcsolódó vizsgálatok során.

• Olyan kutatók, mint Elaine R. Mardis (Washington University Genome Center) és Jay Shendure (University of Washington) részletes zárt csős akusztikus nyíró protokollokat készítettek az NGS könyvtárakhoz, hangsúlyozva a szűk fragmentumeloszlást, az alacsony mintaveszteséget és a jobb reprodukálhatóságot a proba-alapú módszerekhez képest.

(Elaine R. Mardis és Jay Shendure, 2010, Az emberi másolatszám variációjának és a többszórás gének sokszínűsége)

• Nagy áteresztőképességű csapatok, köztük a Broad Institute és az ENCODE Konzorcium, közzétett módszerekben leírják a szonikációs alapú DNS fragmentációt és a kromatin megtörést, hangsúlyozva a fókuszált akusztika széles körű elfogadását skálázott, szabályozott környezetekben.

(Az ENCODE adatok az UCSC-nél)

• A klinikai mikrobiológiai csapatok, akik a MALDI-TOF MS rendszert alkalmazzák, az optimalizált ultrahangzásra támaszkodnak, hogy lebontsák a rezidens szervezeteket – filamentos gombákat, Mycobacterium –, amelyek egyenletes lizátokat adnak le, amelyek növelik a spektrális jel-zaj arányt és javítják az azonosítás pontosságát.

(MALDI-TOF MS Mycobacterium fajtalanság | Tesztár Delhiben | Ganesh diagnosztika)

• A hisztopatológiai laboratóriumok egyre inkább fókuszált akusztikát használnak az FFPE szakaszok deparaffizálására és a nukleinsavak visszanyerésére alacsony hőmérsékleti körülmények között, megőrizve a PCR, szekvenálás és fehérjeprofilozás integritását.

(FFPE kitermelés | Covaris)

Ezek a példák együtt megmutatják, hogyan teszi lehetővé a DNS-extrakcióhoz szolgáló ultrahangos módszer szabványosított, nyomon követhető módszereket több helyszínen keresztül, miközben csökkenti a kézi variációt és a keresztoperátor elsodródást.

Hosszú fény‘s One–Ultrahangátor megállítása: Tervezés egynd előnyök

Az Ultrahang DNS-kivonáshoz úgy lett tervezve, hogy hatékonyan engedje ki a DNS-t anélkül, hogy nem okozna túl akart túltöredezettséget. A fragmentációt csak akkor alkalmazzák, ha a munkafolyamat kifejezetten megköveteli. Gyártóként a Longlight Technology egyetlen eredményt tervez: reprodukálható adatokat összetett mintákból minimális operátori erőfeszítéssel. A mi Egy–Állítsd meg az ultrahangrendszert DNS-kivonáshoz Többcsatornás áteresztőképességet, aktív hőmérséklet-kezelést és teljes adatnyomozhatóságot ötvözi egy kompakt, asztalbarát rendszerben, amelyet napi használatra terveztek.

A rugalmas áteresztő teljesítmény 16 kútpozícióval kezdődik. Dolgozz fel egyetlen kritikus mintát vagy egy teljes 16 darabos racket egy alkalommal. Minden pozíció független akusztikus profilt futtathat – munkakör, teljesítménysűrűség, teljes expozíció –, így a beállításokat a mintakompozícióhoz igazíthatod. Rutin mátrixok esetén a batch mód lehetővé teszi, hogy egyszer beírd a paramétereket, és egy kattintással végezd a feldolgozást az összes hasonló mintán, csökkentve a beállítási időt és a hibákat.

• Érintkezésmentes feldolgozás: Az ultrahang folyadékúton keresztül kapcsolódik közvetlen mintaérintkezés nélkül, minimalizálva a keresztszennyeződést, aeroszol képződést és átvitelt.

• Stabil, alacsony hőmérsékletű, izotermikus vezérlés: A nagy pontosságú érzékelési és zárt hurkú visszacsatolás szoros termikus burkolást tart fenn, megőrizve a DNS integritását és korlátozva a hő okozta torzítást nyírás vagy lízis során.

• Csendes működés: Az akusztikus zajcsökkentő mérnökség megszünteti a túlméretezett hangzárak szükségességét, amelyek ideális közös magokhoz és tipikus padállásokhoz.

• Végponttól végpontig követhetőség: Automatikus rögzítés a futási paraméterek, időbélyegek és adatkimenetek támogatásával támogatja az auditokat, képzési programokat és a csoportos módszerek közötti megerősítést.

• Automatikus levezetés: Automatikus hulladéktisztítás egy érintéskor, szintérzékeléssel és korai túlcsordulási értesítésekkel, csökkenti a karbantartási terhet és korlátozza az expozíciót.

• Integrált operációs rendszer: Az ágyazott operációs rendszer megszünteti a külső PC-ket, csökkenti a beállítást és lehetővé teszi a gyors telepítést a korlátozott laborterületeken.

Egy konfokális séma pontosan irányítja az energiát, elnyomja a veszteségeket a kapcsoló közegben, és szorosabb irányítást biztosít az expozíció felett. Az egységeket gyárilag a referenciákhoz kalibrálják, hogy egységes teljesítményt nyújtsanak – ami kritikus a több helyszínen végzett vizsgálatokhoz és szabályozott munkafolyamatokhoz, amelyek összehasonlíthatóságot igényelnek.

Alkalmazások egyés az iparági problémák, amelyeket megoldunk

A bonyolult minták gyorsan feltárhatják a régebbi szonikációs megközelítések korlátait. A szondák szennyeződéseket juttathatnak be, aeroszolokat hozhatnak létre, és egyenetlenül juttathatnak energiát csövekről csőre. A generikus vízfürdők kiszámíthatatlanul melegíthetik a mintákat, ami torzított fragmentumeloszláshoz vagy túlnyíráshoz vezethet. Az áteresztés is szűk keresztmetszet: a laborok gyakran választanak az egycsőes pontosság és a tétel hatékonysága között.

A Longlight Technology-ből származó DNS-extrekcióhoz készült ultrahangátor precíz, érintésmentes akusztikával kezeli ezeket a korlátokat; független csatornák a mintánként; és teljesen nyomon követhető futások.

• Genom fragmentáció az NGS-ben: Hozz létre szoros, célzott fragmentumeloszlásokat – még magas MW-júságú gDNS-ből is – a könyvtár összetettségének növelése és a méretválasztási igények csökkentése érdekében.

• Kromatin töredékezés és sejt/szöveti lízis: Szigorú hőszabályozás alkalmazása a lízis és fragmentáció során az epitópok védelmére és a fehérje–DNS komplexek stabilizálására az omika profilozása során.

• FFPE deparaffinizáció: Alacsony hőfokú parafin eltávolítás, amely javítja a nukleinsav és fehérje integritását szekvenálás és immunoanszis alkalmazások során.

• MALDI-TOF MS előkészítés: Szabványosítsuk a lízis munkafolyamatokat filamentos gombák és Mycobacterium esetében, hogy élesítsék a tömegspektrumokat és növeljék a fajszintű hívások iránti bizalmat.

• Biológiai szövet homogenizálása: Egységes szuszpenziókat állítsanak elő közvetlen mechanikai érintkezés nélkül, lehetővé téve a tisztább RNS/DNS kivonást és a proteomika kitermelését kevesebb artefaktummal.

A nyomon követhetőség és a biztonság alapfeles. A futás metaadatait és eredményeit rögzítik az audit nyomokhoz. Az automatikus lefolyó- és túlfolyó észlelés egyszerűsíti a megfelelést, csökkenti az operátor érintési idejét, és tisztán tartja a padokat. Az alacsony zajú működés megosztott környezetekhez illeszkedik, extra karkolatok vagy infrastruktúra nélkül.

Bevezetés, minőségbiztosítás, egynd Call ta harc

A DNS-kivonáshoz egyablakos ultrahangrendszerünk alkalmazása egyszerű. Kezdj egy olyan pilottal, amely megfelel a mintakeverékednek, beleértve a viszkózus, alacsony biomasszát vagy FFPE anyagot is. Használj per well beállításokat az outlierekhez, és batch módot a rutin szettekhez. Validálja a minőségellenőrzési szabványokkal – mikrofluidikus méretezés, kapilláris elektroforézis vagy qPCR eredménnyel – a fragmentumprofilok és a visszanyerés ellenőrzéséhez. Ezután zárold be a metódussablonokat, hogy a jövőbeni futtatások egy kattintással legyenek, teljesen nyomon követhetők és következetesek legyenek az operátorok és a váltások között.

• Főbb képességek fvagy Komplex minták

•1. folyamat – 16 mintavétel egy alkalommal; Szükség szerint keverd össze egyedi kútonkénti profilokat a csomagos profilokkal.

• Szigorúan szabályozott, izotermikus környezetet tartson fenn nagy érzékenységű érzékelőkkel a DNS minőségének védelme érdekében.

• Csendben működni a szabványos laborhelyiségben; nem szükséges külső PC vagy hangzár.

• Teljes futási adatok és audit nyomok beszerzése a képzés, a reprodukálhatóság követése és megfelelőség támogatására.

Kezdjük egy Pilot

Rövid megvalósíthatósági tanulmányt ajánlunk a tipikus mintákkal – viszkózus mátrixokkal, alacsony bemenetű mintákkal vagy FFPE metszetekkel –, hogy alkalmazási csapatunk akusztikus beállításokat térképezhessen a célpontokhoz. Ez csökkenti az ellenőrzés idejét, felgyorsítja a SOP létrehozását, és megkönnyíti az átmenetet szabályozott vagy nagy áteresztőképességű műveletekbe.

A Longlight Technology biztosítja a műszereket, protokollokat és támogatást, amelyek lehetővé teszik a bonyolult mintakészítés kiszámíthatóságot és ismételhetővé. Ultrahang-készülékünk DNS-extrakcióhoz nem érintkező feldolgozást, valódi alacsony hőmérséklet-szabályozást, csendes működést, nyomon követhető munkafolyamatokat, valamint csomagos és egyedi futtatásokat is biztosít – automatikus levezetéssel és integrált operációs rendszerrel kiegészítve.

Felhívás a cselekvésre

Készen állsz arra, hogy szabványosítsd a DNS-munkafolyamataidat? Írjon e-mailt a Longlight Technology-nak, hogy kérjen demót, tesztmintákat küldj be minősítéshez, vagy egyeztessen protokolli konzultációt. Szerelje fel csapatát egy egységes ultrahangátorral a DNS-extrakcióhoz, amely összetett mintákhoz és megbízható reprodukálhatósághoz készült.