Bioinformatika már nem "fekete doboz": chipszekvenálás szolgáltatások| Szabványosított adatelemzés

A chipszekvenálási szolgáltatások a niche kísérletekből a felfedezés főáramú motorjaivá váltak, átalakítva a tudósok genom szabályozásának és betegségek megértését. Barski és munkatársai kiterjedt hiszton módosításokat profiloztak a Cell (2007) című művében, a ChIP-seq felgyorsította a területet. Az ENCODE Konzorcium, amelyben Michael Snyder vezette csapatok is dolgoztak, skálázták a transzkripciós faktor atlaszokat, míg Richard A. Young csoportja a ChIP-seq segítségével definiálta a pluripotencia-hálózatokat őssejtekben. A Longlight Technology-nál ezt a hagyományt építjük a Chip Sequencing Services-szel, amely végponttól végpontig integrálva a Szabványosított Adatelemzéssel, növelve a reprodukálhatóságot és a ChIP-seq adatokat betekintéssé alakítva – eltávolítva a bioinformatikai "fekete dobozt", és lehetővé téve a magabiztos döntéseket.

(Johnson, Mortazavi, Myers, Transzkripciós faktor és hisztonmódosítás ko-lokalizációja

és a sejtvonalakon átívelő dinamikát ChIP-seq és RNS-seq adatok integrálásával, Science (2007))

Mit nyújtanak a chipszekvenálási szolgáltatások

A kromatin immunprecipitáció, amelyet a szekvenálás (ChIP-seq) követ, a fehérje-DNS kölcsönhatásokat vizsgálja a genomon keresztül. A transzkripciós faktorokkal vagy hisztonokkal kötött kromatin fragmentumok rögzítésével és nagy áteresztőképességű szekvenálással olvasva azokat a chipszekvenálás szolgáltatásai lokalizálják a kötési helyeket, térképezik fel a hisztonmódosítási tájakat, és számszerűsítik a lévülési változásokat különböző körülmények között.

A Longlight Technology egy átmérő munkafolyamatot biztosít: mintakészítés, kromatin nyírás, könyvtárépítés, fejlett szekvenálás és szigorú adatelemzés. Szolgáltatásunk kis mintaméretekhez is alkalmas, támogatja a kutatási célod alapján meghatározott gének vagy régiók elemzését, és minden linken szigorú minőségellenőrzést alkalmaz a pontosság érdekében. A fokusált ultrahangozásunkkal, amely pontosan a kromatin nyírásához és magas minőségű reagensekhez és fogyókhoz – beleértve a Qubit csöveket és a válogatott könyvtárkészítő készleteket – kombinálva teljes adatjelentéseket és nyers adatokat átlátható minőségi mutatókkal biztosítunk.

(Magas felbontású profilozás a histonmetilációk az emberi genomban)

A bioinformatika már nem egy “Black Box“

Sok chipszekvenálási szolgáltatás kihívása az inkonzisztencia: változó csúcshívás, nem összehasonlítható normalizáció, átlátszatlan minőségellenőrzés és töredezett eredmények. A Longlight Technology egységes szabványokat tart be az elemző életciklus során, biztosítva a következetességet a mintavételtől az értelmező jelentésig.

Harmonizált pipedvonalak, validált vezérlésekkel és megmagyarázható, dokumentált döntésekkel minden futás alapját képezik. A QC mátrix magában foglalja a beillesztési méretarányú eloszlást, könyvtár komplexitási indexeket, az igazítási minőséget (pl. leképezési sebességet), duplikációs sebességet, háttérzajt (pl. FRiP/SNR) és a reprodukálhatóságot (pl. replikációs korreláció/IDR). Átfogó jelentéseket készítünk, amelyek a csúcsokat a biológiai jelentéssel kötik össze – összekapcsolva a transzkripciós faktor jelenlétét génexpressziós programokkal, hiszton jeleket kromatin állapotokkal, valamint ko-kötési eseményeket szabályozó modulokkal. A bemenetek, folyamatok és kimenetek közös szabványainak betartatásával a projektek közötti összehasonlíthatóságot érjük el, és megelőzzük az analitikus elsodródást. A bioinformatika teljesen nyomon követhetővé, auditálhatóvá és döntéskészségre alkalmassá válik.

• Tervezési reprodukálhatóság

• Reprodukálható motorok: kiemelt, verzióval rögzített eszközök, ellenőrizett hivatkozások és paramétersémák vizsgálatonként.

• Kvantitatív minőségellenőrzés: műszer metrikák, SNR/olvasási minőség előigazítása, csúcs utáni FRiP/NSC/RSC replikálás, IDR replikálása.

• Teljes csomag: nyers/feldolgozott adatok, csúcskatalógusok, jegyzetelt intervallumok, valamint konfiguráció és futási idejű eredet.

• Célzott elemzés: konkrét génekre vagy régiókra koncentrálni, amikor a projektek szűk, hipotézisvezérelt következtetéseket követelnek meg.

Miért a Longlight technológia?

A Longlight Technology a csúcskategóriás laboratóriumi eszközöket robusztus informatikákkal integrálja, hogy a chipszekvenálási szolgáltatásokat felemelje az akadémiai, klinikai és ipari környezetekben.

• Egyablakos végrehajtás: Rögzített sejteket vagy fagyott szövetet biztosít; Elvégzjük az előkészületet, nyírást, könyvtárépítést, szekvenálást és bioinformatikai elemzést.

• Megbízható tervezés szerint: A folyamatos minőségellenőrzés pontosan megmutatja azt a biológiát, amely fontos neked – a géneken és a régión át.

• Kis minta? Nem gond. Az érzékenység-elsőre épülő megközelítésünk maximális betekintést nyújt.

• Jelentések, amelyek az ön nyelvén beszélnek – TF kötés, hiszton jelek, ko-kötési minták és Pol II követés.

• Az egységes fogyóeszközök stack következetességet biztosít a géltől a könyvtárig.

• Fókuszált ultrahangzás: Precíziós nyírás, amely növeli a dúsítás specifikusságát és javítja a könyvtár teljesítményét.

• Mintából to Meglátás: tSzolgálati folyamat

Egyszerűsítjük a biológiai kérdésről a magabiztos válasz felé való átlépést. Rögzített sejteket vagy fagyott szövetet küldesz be; Világos betekintést adunk vissza, minimális súrlódással és teljes átláthatósággal.

• Beszívás és szabványosított kezelés a kromatin fenntartásához.

• Kalibrált szonikáció reprodukálható, célra illeszkedő fragmentumok esetén.

• Kiegyensúlyozott ligáció/PCR a könyvtár összetettségének megőrzése érdekében.

• A szekvenálás mélysége a TF/histoncélokhoz igazítva.

• Rétegzett minőségellenőrzés és igazítási diagnosztika.

• Csúcs/differenciál/motív/ko-binding elemzések génjelölésekkel.

• Jelentések, adatok, vizuális megjelenítések és értelmező összefoglalók.

Alkalmazások egynd hatás

A chipszekvenálási szolgáltatások a szabályozási biológiát a fejlődéstől a betegségekig terjedő kontextusokban világítják meg. A fehérjék jelenlétének genomiális helyszíneken történő leképezésével fehérjeelfoglaltsági térképeket rajzolhatunk a célterületeken, tesztelhetjük a hisztonjelek együttesülését a génexpresszióval kapcsolatban, valamint precízen pozícionálhatjuk az RNS-polimeráz II és a transzfaktoros kötődést. A farmakológia területén a ChIP-seq támogatja a hatásmechanizmus-vizsgálatokat; a biogyógyszerészeti kutatásban validálja a célok elköteleződését; Az akadémiai kutatásokban a sejtsorsot szabályozó átiratos programokat dekódolja.

Megközelítésünk összekapcsolja a ChIP-seq kimenetet a biológiai narratívákkal. A motív elemzések kitárják a kötés szekvencia meghatározóit. A ko-binding mátrixok kiemelik a szabályozási partnerségeket. A hiszton módosítás profiljai a segment kromatin állapotait. Az integrált annotációk a csúcsokat promóterekkel, erősítőkkel és géntestekkel kötik össze. Mivel az egész folyamat szabványosított, az időpontok, sejtállapotok vagy kezelések hosszabb távú vizsgálatai közvetlenül összehasonlíthatókká válnak, csökkentve a kétértelműséget és erősítve a következtetéseket.

Hívás ta harc

Készen állsz a nyomon követhető vezetékekre és reprodukálható csúcsokra? TF, histon vagy Pol II ChIP-seq esetén vedd fel a kapcsolatot a Longlight-tal, hogy egyeztess konzultációt, kezdj el mintaküldést vagy nézd meg a mintajelentést QC mutatókkal. Segítünk abban, hogy a ChIP-seq adatokat gyakorlati betekintéssé alakítsa Szabványosított Adatelemzéssel, végponttól végpontig QC-vel és kutatási céljaidhoz igazított teljes eredményekkel.