Nagy felbontású gélképalkotás magyarázza: UV-biztonságos gél eltávolítás

A nagy felbontású gélképalkotás ma már számos mérföldkőnek számító fejlődését támasztja alá a molekuláris biológia területén. Jennifer Doudna és Emmanuelle Charpentier vezette csapatok precíz gélelektroforázisra és nagy felbontású képalkotásra támaszkodtak a CRISPR konstrukciók validálására. Svante Pääbo úttörő ősi DNS-munkája érzékeny sáv-detektálást igényelt, hogy megkülönítsék az autentikus töredékeket a szennyeződéstől. Az Emberi Genom Projekt, amelyet Eric Lander csapata is vezetett, gélelemzést skáláztak a szekvenciák feltérképezésére és ellenőrzésére. Ezekben az erőfeszítésekben egy elv változatlan maradt: a tiszta, jól feloldott sávok és a gyengéd kezelés elengedhetetlenek. Ma az UV-biztonságos gél kivonás párosul a High Resolution Gel Imaging rendszerrel, hogy megvédje a mintákat és a személyzetet, miközben megőrzi a lefelé irányuló teljesítményt.

(Jennifer Doudna és Emmanuelle Charpentier kísérlete

A CRISPR/cas 9 rendszer szerepéről az adaptív bakteriális immunitásban (2012))

Mi az a nagy felbontású gélképalkotás?

A nagy felbontású gélképalkotás egy olyan optikai, elektronikus és szoftveres képességek halmazát írja le, amelyek tiszta, nagy kontrasztú sávokat rögzítenek nukleinsavból vagy fehérjegélből. Egyesíti az érzékeny kamerát, alacsony zajú optikát, páros szűrőket és kalibrált megvilágítást az intelligens képfeldolgozással. Ennek eredményeként egyértelmű megkülönböztetés a közeli sávok, pontos méretezés és reprodukálható mennyiségi meghatározás, még akkor is, ha a jelek gyengék vagy a háttér egyenetlen. A gyakorlatban ez megbízható klónozást, tisztább könyvtárelőkészítést, kevesebb ismétlést és szabályozott auditokra alkalmas rekordokat eredményez.

A kép tisztaságán túl a munkafolyamat végpontig integrált. A szerepalapú hozzáférés, az audit nyomok és az automatikus jelölőfelismerés csökkenti az emberi hibákat, és növeli a nyomon követhetőséget. A több fényforrás és festék támogatása kiterjeszti az alkalmazásokat a DNS és RNS gélektől az SDS-PAGE-ig, a foltmentes fehérje munkafolyamatokig, kolóniás képalkotásig és a többszínű fluoreszkáló címkézésig. A nagy felbontású gélképalkotás egy dobozon lévő kamerából egy összekapcsolt, kompatibilis műszerré fejlődött a pad közepén.

(Az emberi genom kezdeti szekvenálása és elemzése | Nature)

Miért UV–Biztonságos gél eltávolítása számít

A hagyományos UV-transzillumináció károsíthatja a nukleinsavakat timin dimerképződése és bevágása révén. A következmények később jelennek meg: alacsonyabb klónozási hatékonyság, egyenetlen könyvtári eredmény, és homályos Sanger vagy NGS eredmények. Az UV-kitett vízkitett veszélyt is jelent a felhasználók számára, ami megnehezíti a megfelelőséget és a képzést.

A kék fény alapú gél eltávolítás biztonságosabb megoldást kínál. A kék fény a DNS-t károsító nagy energiájú hullámhosszak nélküli általános festékek izgatásával megőrzi a töredékek integritását a sávvágás során. Ha védő vágófelülettel párosítják, amely megakadályozza az UV-t, az operátorok tiszta kilátást, stabil kezet és magabiztosságot kapnak, hogy mind minták, mind az emberek védettek. Azoknak a laboroknak, amelyek nyomás alatt állnak az első átmenet sikerének javítására, az UV-biztonságos exciszió közvetlen eszköz az eredmények javítására.

A tipikus nehézségi pontokat ez a megközelítés megoldja:

• A szalagok elkenődnek vagy eltűnnek a gél eltávolítása után UV-kitett hatás miatt

• A klónozás sikere még ugyanabból a sávból is ingadozik

• A létracímkézési hibák miatt kiváltott újrafuttatások időpazarlást pazarolnak

• Biztonsági aggályok és korlátozott elérhetőség az UV állomások

• A nyilvántartásokban lévő hiányosságok bonyolítják az ellenőrzéseket és a minőségi vizsgálatokat

(Emberi Evolúciós Genomika Egység (Svante Pääbo) | OIST csoportok)

Bent Hosszú fény Nagy felbontású gélképalkotó rendszer

A mai platform egyetlen egységben egyesíti az optikát, az irányítást, az elemzést és a biztonságot. A kulcsfontosságú elemek a következők:

• Mind–in–egy művelet: 12,1 hüvelykes érintőképernyővel és beépített feldolgozással a felvétel, hangolás és exportálás a padon történik – külső számítógépek vagy kábelek nélkül.

• Érzékeny rögzítés: Egy 6,3 MP-es magas érzékenységű CMOS alacsony zajú optikával gyenge sávokat mutat fel korlátozott mennyiségű mintákból egyenletes háttéren. A finom különbségek könnyebben láthatók, így jobb kiválasztást és mennyiséget támogatnak.

• Intelligens képfeldolgozás: Az automata expozíció, automata fókusz és fejlesztés reprodukálható eredményeket eredményez. A marker automatikus annotáció felismeri a létraszalag méreteket, címkéket helyez fel, csökkentve a kézi szerkesztéseket és elkerülve a átirathibákat.

• Sokoldalú megvilágítás: Áteresztő UV, kék és fehér források széles választékban befogadják a festékeket. Az egyik műszer egyesíti a nukleinsav-gél képalkotást, az SDS-PAGE-t, a foltmentes fehérjedetektálást, a kolóniai képalkotást és a többszínű fluoreszcencia munkafolyamatokat.

• Adatintegritás és megfelelőség: Szerepalapú hozzáférés, rendezett naplómegtekintés és átfogó audit nyomon követhetőséget biztosít a munkafolyamatban, csökkentve a kockázatot, és megkönnyítve az értékeléseket a megfelelőségi vagy együttműködő csoportok számára.

• UV-biztonságos kivonási támogatás: A külső gél eltávolítást egy szabványos UV-árnyékoló vágólemez segítségével végzik, amely hatékonyan blokkolja az UV-t, védi a felhasználókat és támogatja a kék fény alatt a precíz sáv elszigetelését.

A nagy felbontású gélképalkotás nem csak a pixelekről szól. Ez egy ismételhető, dokumentált munkafolyamatról szól, amely egy gélt védhető adatvá és ép, használatra kész DNS- vagy fehérjemintákká alakítja.

Képalkotásból tUV–Biztonságos gél eltávolítás: egy Gyakorlati munkafolyamat

A következő sorrendet alkalmazzuk, hogy a képminőséget a mintaintegritással igazítsuk:

• Készítse elő a gélt, és válassz olyan festéket, amely kompatibilis a kék fény gerjesztésével, hogy segítsen UV-biztonságos vágásban.

• Helyezze a gélt a színpadra, és válassza ki a megfelelő világítást. Kezdj kék fényrel, amikor elkesítésre számítanak.

• Használjon automatikus expozíciót és autofókuszt éles, nagy kontrasztú kép felvételéhez. Erősítsd meg, hogy halvány sávok láthatóak túlzott expozíció nélkül.

• Engedélyezze a jelölők automatikus annotációját a létra sáv méreteinek címkézéséhez és a méretparaméterek rögzítéséhez a későbbi jelentésekhez.

• Kapcsoljon át külső vágófelületre, miközben az UV-pajzs a helyén van. A kék fény megvilágítás megőrzi a nukleinsavokat, miközben tiszta látótávolságot biztosít.

• Tiszta szikével vágják ki a kiválasztott szalagot; Dolgozz gyorsan, és kerüld a gél újragyújtását.

• Dokumentálja az eltávolítást egy gyors vágás utáni fotóval a nyomon követhetőség érdekében.

• Képek, metaadatok és az átfogó audit nyomkövetése a LIMS-be vagy a közös tárolóba történő lezáráshoz.

Ez a tömör SOP csökkenti az átdolgozást, lerövidíti a felállást, és következetes, audit-kompatibilis nyilvántartásokat eredményez. Emellett egységesíti a sávválasztást a felhasználók között, növelve a reprodukálhatóságot programok és időfokok között.

Partner fvagy Precision egynd Safety

A kutatócsoportok ma három eredményt keresnek a gélképalkotásból: tiszta, értelmezhető sávokat; ép minták vágás után; és megbízható, kereshető feljegyzéseket. Nagy felbontású gélképalkotó platformunk minden eredményt egy rendszerben kezel. Kombinálja a nagyfelbontású optikai motort intelligens szoftverrel, hárommódú világítással és UV-biztonságos gél kivonási támogatással. Zökkenőmentesen integrálódik a hagyományos laboratóriumi termékekkel és munkafolyamatokkal, így zavartalanul alkalmazható nukleinsav- és fehérjevizsgálatokban.

Ha a laborod következetlen sávminőséggel, alacsony klónozási eredménysel a gél eltávolítás után, vagy a kézi jegyzetek hiányosságaival küzd, fontold meg biztonságosabb, okosabb utat is. Fedezze fel a magas felbontású gélképalkotást és az UV-biztonságos gél eltávolítást: védd a mintákat és a személyzetet, válts kék fényes vágásra, és kapj tiszta szalagokat biztonságosabb munkafolyamatokkal. Vegye fel velünk a kapcsolatot, hogy bemutatót kérjen, megkapjon egy mintaképkészletet a választott festékből, vagy térképezze be a munkafolyamatot a SOP-jaihoz az alkalmazási csapatunkkal. A képtisztaság, a mintavédelem és az adatok integritásának egységesítésével átléphetsz a hibakeresésről az áteresztőképességre – és biztonságban tarthatod a tudományodat és az embereidet.