Miért elengedhetetlen a molekuláris biológia laborok számára a Sonicator az NGS munkafolyamatokhoz

A Molecular Biology Labs számára készült szonikátor fókuszált ultrahangot használ DNS darabokra törésére, sejtek megbontására és szövetek homogenizálására szigorú hőmérséklet-szabályozással. Érintésmentes és pontos. A laborok NGS könyvtár előkészítésére, FFPE visszanyerésére, mikrobiális lízisre és proteomikai minták előkészítésére használják. A módszert széles körben alkalmazzák vezető genomközpontok, és világszerte lektorált munkamenetekben hivatkoznak. Az eredmények következetesek és skálázhatók pilottól a gyártásig. Mégis egy kérdés marad: miért vált ez az eszköz a modern szekvenálási laborok csendes gerincévé – és mi különbözteti meg a régebbi szonda- vagy fürdőrendszerektől? Maradj velünk, hogy megtudd.

Miért támogatja a molekuláris biológiai laboratóriumok számára a szonikátor a megbízható NGS-t

A Longlight Technology-nál olyan csapatokkal találkozunk, amelyek ugyanazokkal a három problémával küzdenek: a DNS következetlen töredezettségével, hő okozta károsodással és az ember által okozott változatossággal. A hagyományos szonda- vagy fürdőrendszerek egyenetlenül osztják el az akusztikus energiát, és stabil kézre épülnek. Ez futásról futásra driftet, mintaveszteséget és hosszú hibakeresési ciklusokat jelent.

A fókuszált megközelítésünk ezt megváltoztatja. Ha a nagyfrekvenciás, rövidhullámú ultrahangot pontosan a mintára koncentrálják, a felkészülés kiszámíthatóvá és ismételhetővé válik. A szonikáció egy kontrollált, izotermális, érintkezésmentes vízkörnyezetben történik, így nincs szonda értékes mintákhoz érintve, és nincs rejtett szennyeződés kockázata. Egy nagy érzékenységű hőmérséklet-szabályozó rendszer a mintaterületet valódi állandó hőmérsékleten tartja, védve a fragmentumméret-eloszlást és a könyvtár minőségét.

Az NGS esetében ezek a részletek számítanak. A stabil fragmentációs görbék csökkentik a könyvtártorzítást. A tiszta, érintésmentes feldolgozás védi az alacsony bemenetű vagy lebomlott anyagokat. A szigorúbb folyamatszabályozás csökkenti a kötetek közötti változatosságot, és megakadályozza, hogy a bioinformatika kompenzálja a nedves laboratóriumi zajt. Röviden: a Molecular Biology Labs Sonicator a minták előkészítését művészetből egy mérnöki lépésré alakítja.

• A szabványosítás mögötti jel

Minden hangszert egységes teljesítményre kalibrálunk. Az akusztikus fókusz és a hőmérséklet-szabályozás megszünteti a gyakori változékonysági forrásokat, így a SOP-jaid a pilottól a gyártásig skálázódnak anélkül, hogy minden tételre vagy operátorra átírnád a beállításokat. Az eredmény szabványosított kimenetek, amelyekre az alsó lépések – adapter ligáció, erősítés és méretválasztás – támaszkodhatnak.

Hogyan oldja meg a Longlight technológia a mintakészítés problémáit

Az NGS laborok gyakran nem a szekvenálási kapacitás miatt érik el az áteresztőképesség határait, hanem mert az előkészület a szűk keresztmetszet. Fókuszált ultrahangos platformunkat úgy terveztük, hogy ezt a szűk keresztmetszetet gyakorlati, mindennapi funkciókkal oldjuk meg, amelyek illeszkednek a valódi munkafolyamatokhoz.

• Párhuzamos áteresztőképesség kompromisszum nélkül – Tizenhat mintapozíció Lehetővé teszik, hogy a valódi adagokat feldolgozd. Egyszerre 1-től 16-ig tartó csövet kell használni, és szükség esetén állítsd be a minták körülményeit, így az érzékeny vagy trükkös mintákat külön gondossággal kezeljük, anélkül, hogy az egész folyamat lelassítaná.

• Batch mód ismétlődő munkához – Hasonló bemenetekhez alkalmazz paramétereket tömegesen, és indítsd el egy akcióval. Ez csökkenti a kattintásról kattintásra történő beállítást, és csökkenti az operátor idejét a rutinfeladatoknál.

• Valódi alacsony és állandó hőmérséklet-szabályozás – Egy pontos érzékelési és vezérlő kör fenntartja a minta hőmérsékletét a szonikáció során. Védi a fragmentum integritását és minimalizálja a hőokozó artefaktumokat, amelyek eltérítik a méretprofilokat.

• Érintkezésmentes feldolgozás – A fókuszált energia akusztikus közegen keresztül jut el a csőhöz. Nincs szonda. Kevesebb szennyező vektor. Magasabb magabiztosság korlátozott vagy pótolhatatlan anyag kezelésekor.

• Nyomon követhető és visszaolvasható rekordok – Az adatok feldolgozása bármikor előhívható. Ez gyorsabbá teszi a minőségellenőrzési vizsgálatokat, és támogatja az auditokat, valamint a módszerátadást helyszínek között.

• Automatikus vízelvezetés és biztonsági intézkedések – Egy kattintással történő hulladékeltávolítás, vízszint-érzékelés és korai figyelmeztetések megakadályozzák a túlcsordulási eseményeket és a takarítási leállásokat.

• Csendes és önálló – Kényelmesen működik extra hangszigetelő dobozok nélkül, és külső számítógép nélkül; a beépített operációs rendszer megtakarítja a munkaterületet, és egyszerűsíti az IT jóváhagyásokat.

Ezek a képességek együtt a Molecular Biology Labs számára készült Sonicatort megbízható frontend-et kínálnak genom fragmentáció, nehezen lízezhető sejtek és szövetek, FFPE munkafolyamatok, valamint proteomikai minták előkészítéséhez – anélkül, hogy a munkatársaidat ultrahang-szakértővé kellene tenni.

• Az embereknek tervezve, nem csak protokolloknak

A használat egyszerűsége ugyanolyan fontos, mint a fizika. Töltsd be a csöveket, válaszd ki a paramétereket, és fuss tovább. Az interfész támogatja a részletes vezérlést és a gyorsindítási sablonokat is. Az új csapattagok gyorsan alkalmazkodnak, míg a tapasztalt felhasználók finomhangolhatják a munkakört és a sorozatonkénti ciklusokat, hogy magabiztosan érjék el a céltöredékméreteket.

Mit várjunk egy szonikátortól molekuláris biológia laborokban az NGS munkafolyamatokban

A fókuszált ultrahangozás megvalósítása a Longlight Technology-val megváltoztatja a labor ritmusát. A legtöbb csapat gyorsabb stabilizációt tapasztal a SOP-oknál, kevesebb ismétlést és gördülékenyebb átadást a könyvtárépítéshez. Mivel a fragmentáció következetes, a méretválasztás kevésbé pazarló, és az alsó szintű minőségellenőrzés gyakrabban megy az első próbálkozásnál.

A tipikus genomikai vezetékekben a rendszer a következőkben működik:

• Genom fragmentáció rövid olvasású és hibrid munkafolyamatokhoz, ahol a szűk méretű ablakok megtérülnek a térképezés minőségében.

• Sejt- és szövetkárosodás, amikor nukleinsavra van szükséged gyorsan, tisztán és nagy léptékben.

• Kemény minták (pl. nehéz mikroorganizmusok vagy FFPE), ahol érintkezésmentes, hőmérséklet-szabályozott feldolgozás védi az integritást.

Ugyanilyen fontos, hogy a platform két munkastílust támogat. Ha különböző kutatási mintákat futtatsz, különböző feltételeket rendelhetsz minden csőhöz, és kezelheted a komplexitást egy adagban. Ha gyártásszerű sorban futsz, a batch paraméterek lehetővé teszik, hogy szabványosítsd és nagy volumenű munkát minimális érintésidővel átvijd. Mindkét esetben a nyomon követhető nyilvántartások segítenek a csapatnak gyorsan tanulni, és rögzíteni azokat a beállításokat, amelyek a legjobban megfelelnek az anyagaidnak.

• Az adatminőségtől a költségszabályozásig

A jobb fizikai fragmentáció jobb adatgazdaságot eredményez. Amikor a könyvtárak először átmennek a minőségellenőrzésen, a reagentek elfogyasztása csökken, és a szekvenszerek működési ideje nő. A csendes működés és az egyben egy hely csökkenti az infrastruktúra és a munkapad átalakításának enyhe költségeit. És mivel a feldolgozás nem érintett, automatizált, megvédi a munkatársak idejét az elkerülhető átdolgozástól.

Záró szavak

Készen állsz, hogy a mintakészítés ugyanolyan megbízhatóvá váljon, mint a szekvencered? Beszéljen a Longlight Technology-val arról, hogyan integrálhatod a molekuláris biológiai laborokhoz készült szonikátort az NGS munkamenetedbe. Segítünk paraméterek kiválasztásában, az eredmények validálásában és a pilot futásoktól a rutingyártásig való skálázásban – anélkül, hogy hetente átírnád a folyamatodat.