Középsebességű fókuszált ultrahangátorok: Mikor lesz értelmesebb 8 mintapozíció?

Sok laboratóriumban van egy nehézkes köztes zóna.

Ha egyszerre csak egy mintát veszel, túl sokáig tart. Tizenhat vagy több pozíció jól hangzik, de talán ritkán van tizenhat minta ugyanilyen körülmények között a laboratóriumban.

Itt válnak érdekessé azok a fókuszált ultrahangú, amelyek közepes áteresztőképességű módon működnek!

Ebben a vitában a "középszintű áteresztőképesség" nem csupán egy specifikációs lapon nyomtatott szám. Ez olyan laboratóriumokra vonatkozik, ahol általában egyszerre több mintát dolgoznak fel, mégis rugalmas a hiányos adagok, változó mintátípusok vagy eltérő akusztikai körülmények feldolgozásához.

A Fókuszált ultrahangos BoFU-800 a Longlight 1-8 minta egyszerre történő feldolgozását szolgálja 8 mintapozícióval, akár egyéni mintafeltételekként, akár kötött feldolgozásként. Ez jó példa lehet az operatív kérdés megvitatásához, nem csak a technológiához.

A középszintű áteresztés valójában ütemezési probléma: Két megközelítés létezik az ütemezésre. Kétféle megközelítés van az ütemezésre.

Amikor figyelembe vesszük, hány kutat tartalmaz egy eszköznek, először gondold át, hogy általában mi kerül a padra.

Hány mintát kapnak egy átlagos kedden?

Nem az idei legkiterjedtebb projekt. Nem az a szám, amit a labor szeretne feldolgozni a bővítés után. A normál sor sokkal hasznosabb.

Reggel egy genomikai csoport 4 DNS-mintát kaphat; ebéd után 3 kromatin minta; ebéd után 2 FFPE mintát más protokollnal. Aznap a laborban valójában kilenc minta volt, de egyetlen kilenc minta sem volt.

Ez számít a felszerelés kiválasztásában.

Néhány platformnál a néhány plusz pozíciót kevésbé hasznos munkára használhatják egy nap folyamán, mert a kutatók nem várnak a teljes rack megkezdéséhez.

Egy futásnál egy üres pozíció nem állíthatja meg a futást.

Egy közepes áteresztőképességű platform egyik hasznos jellemzője, hogy részleges adagokat lehet végezni anélkül, hogy munkafolyamati problémákat okozna a kihasználatlan pozíciókkal.

A BoFU-800 szabad mintafeldolgozási módja lehetővé teszi 1–8 minta feldolgozását, az egyes minták feltételei testreszabva. Azonban nem valós idejű módban van, hanem sorozatban, ami alkalmas olyan minták számára, amelyek valóban ugyanazt a feldolgozási igényt követik.

Ami apróságnak tűnhet, az nem számít annyira, mint amilyennek hangzik.

A labornak hat mintát kell készítenie, ha hat minta készen áll. Ha 4 egy protokollhoz tartozik, és 2 más, különböző protokollhoz tartozik, akkor felmerül a kérdés, hogy a műszer képes tényleges munkát vagy a műszerezést befogadni.

A fókuszált ultrahangzás a Longlight DNS/RNS nyírás nukleinsav-fragmentációs és NGS minták előkészítő eszközök portfóliója. A bejövő minták rugalmassága ugyanolyan fontos lehet, mint a csatornák száma ebben a környezetben.

Két különböző mód létezik: Szabad mód és Batch mód

A "kötes feldolgozás" kifejezés természetesen azt sugallja, hogy hatékonyabb.

Néha így van.

Nyolc hasonló DNS-mintánál csak egy feltételkészletet kell beírni, és az adag feldolgozásra csökkentve az ismétlődő felállást.

A vegyes kutatási munka azonban nem ilyen.

A független projektek mintáit egy maglétesítménybe lehet adni. Egy NGS labor DNS fragmentációval dolgozhat, míg egy másik projekt kromatin nyírását igényli. Ilyen helyzetben nincs értelme több pozíciót választani, hiszen mindent egy közös módszerre kényszerítenek.

Így a releváns összehasonlítás nem a kézi és a kötött rendszer kérdése.

Ez a következő:

Mikor van értelme megosztott protokollt használni; Mikor van értelme független protokoll kialakítása?

Ha a rendszer mindkettőt képes megoldani anélkül, hogy bármelyik folyamatot feleslegesen bonyolulttá tenné, akkor közepes áteresztőképességű rendszerről van szó.

Nyolc mintád kell, az nyolc lemez!

Egy másik probléma az áteresztőképességgel kapcsolatban, hogy megőrizem a tudást arról, mi történt az egyes mintákkal.

Egy cső néha képes rávenni az operátort, hogy emlékezzen és újra beírja a futást egy jegyzetfüzetről.

De több mintával ez nem olyan egyszerű.

A reprodukálhatóság magában foglalja a mintaidentitást, a kiválasztott feltételeket, a futási előzményt és a módszerváltozásokat. Longlight szerint a BoFU-800 feldolgozási adatai futtatás után visszanyerhetők, ami segíti a mintafeldolgozás rögzítését. A rendszer beépített operációs rendszerrel is rendelkezik, és nincs szükség külső számítógépre.

Ez különösen igaz a közös laboratóriumok esetében. Egy módszer kezelője a fejlesztéstől számított hat hónappal nem feltétlenül ugyanaz a személy.

A memóriafüggőséget ezután minimalizálni kell a mintamennyiség növelésével egy közepes áteresztőképességű munkafolyamat érdekében.

A hőmérséklet-szabályozó rendszernek képesnek kell lennie a teljes adás során működni.

A pozíciók hozzáadását nem szabad ellenőrizetlen mintafeltételek hozzáadásával követni.

Az akusztikus energia bejuttatása a mintába a fókuszált ultrahang feldolgozás során valóban hőkezelést igényel. A BoFU-800 alacsony hőmérsékletű, állandó hőmérsékletű feldolgozási rendszert alkalmaz, a hőmérséklet-érzékelést és a hőmérséklet-szabályozást a mintás területen végzik. Emellett lehetővé teszi a minták feldolgozását zárt csövekben, akusztikus közegben, közvetlen szondával való érintkezés nélkül.

A labor kulcskérdése: "hogyan"?

Elfogadható-e, hogy a mintaszámot növeljék anélkül, hogy az befolyásolná a validált módszer általános környezeti szabályozását?

Ez hasznosabb, mint az áteresztőképesség értékelése a folyamatirányítástól függetlenül történő értékelése.

Valójában, több mint nyolc pozícióra van szükséged?

Bizonyos esetekben a válasz igen.

Amikor a laboratórium rendszeresen találkozik nyolcnál nagyobb mintákkal, és ezek a minták egyszerre készen állnak, a nagyobb platformra váltás csökkentheti az ismétlődő futásokat.

A 16 mintaállás Fókuszált ultrahangos BoFU-1600 Ugyanolyan feldolgozási rugalmassággal rendelkezik, mint a nyolcpozíciós rendszer – ingyenes, 1-16 mintafeldolgozásra vagy kötött feldolgozásra is használható.

Másrészt azok a laborok, amelyek elsősorban egyéni kutatási mintákat készítenek, egyszerűbb, integrált platformot preferálhatnak, mint például a Fókuszált ultrahangos BoFU-100, Longlight helyek DNS, RNS és kromatin nyíráshoz, NGS genom fragmentációhoz, FFPE feldolgozáshoz és biológiai mintazavaráshoz.

Ez produktívabb választás, mint az, hogy "nagyobb az jobb.

Az a kapacitás, amely a leginkább illik a normál mintasorhoz, a legkevesebb várakozási és kihasználatlan kapacitással és a felesleges adagolással, a megfelelő kapacitás.

Mielőtt kiválasztanád, nézd meg a laboratóriumot egy hétig.

Az egyik legegyszerűbb felszerelésválasztási gyakorlat felszerelés nélkül történik.

Végezz laboratóriumi megfigyelést 5 munkanapon át.

Írd le az egyszerre érkezett mintavételek számát, az azonos módszert használó minták számát, a megvárás gyakoriságát, az átfedő alkalmazások gyakoriságát, valamint hogy milyen a legnagyobb "normális" tétel.

Az eredmény hasznosabb, mint a legtöbb mintával kezdeni egy katalógusban.

A laboratóriumnak nemcsak önálló munkaállomás, hanem figyelembe kell vennie a fokusált ultrahangozás szerepét a nukleinsav tisztítása, kvantifikálás és az elemzési eljárások során is.

Végső kiválasztási ellenőrzés

Azoknak a laboroknak, amelyek párhuzamos feldolgozásra van szükségük, de mégis változó számú mintavétellel és protokollral rendelkeznek, a középáteresztőképességű fókuszált ultrahang-készülék a leglogikusabb választás.

Mielőtt kiválasztanád egyet, négy kérdést kell feltenned magadnak:

Általában hány mintát érkeznek együtt? Milyen gyakran alkalmazzák pontosan ugyanazt a módszert ezek a minták? Mennyi értéke van a rugalmasságnak mintánként? És mi a helyzet azzal, hogy mennyi futtathatóság szükséges, ha több kutató ugyanazt a rendszert használja?

De a legjobb középáteresztőképességű rendszer nem az, amely két nagyobb termékspecifikáció között félúton van.

Ez az, amely a leginkább összhangban áll a pállóhoz érkező minták valóságával.

GYIK

1. kérdés. A középszintű áteresztőképességű fókuszált ultrahang-készülék egy olyan eszköz, amelyet kis mennyiségű mintadarab feldolgozására terveztek, nagy intenzitással, de alacsony amplitúdójú ultrahanggal.

Ez egy egyközpontú, akusztikus mintafeldolgozó rendszer olyan laboratóriumok számára, ahol sok mintát kell együtt feldolgozni, de nem feltétlenül nagy, nagy áteresztőképességű sorozatokban. A kapacitás rendszerenként változik.

K2. Mennyi a maximális mintaszám a BoFU-800 számára?

A BoFU-800 nyolc mintapozícióval rendelkezik, és rugalmasan képes 1–8 mintát feldolgozni. Egyénileg testreszabható, vagy beírható a batch paraméterek.

K3. Mind a nyolc pozíciót be kell tölteni?

Nem. A BoFU-800 szabad mintafeldolgozási módja csak 1–8 mintát dolgoz fel, így nem szükséges teljes 8 mintás adag feldolgozása.

4. kérdés. Mi a különbség a szabad mód és a batch mód között?

Szabad módban minden minta egyedi feldolgozási feltétellel feldolgozható. A köteg mód ugyanazokra a minták típusára van tervezve, amelyeket ugyanazokkal a feldolgozási paraméterekkel lehet feldolgozni.

K5. Melyik helyzet indokolja, hogy egy laboratórium fontolóra vegye a 16 pozíciós rendszert?

Ha a sorozatok következetesen nyolcnál nagyobb futnak, és általában párhuzamos feldolgozásra is rendelkezésre állnak, egy nagyobb platform segíthet minimalizálni az ismétléseket. A BoFU-1600 16 mintapozíciót kínál rugalmas és kötött feldolgozási módokban.