Hogyan juttatja egy DNS-nyíró ultrahangátor percek alatt NGS-re kész fragmentumokat

Egy megbízható DNS nyíró ultrahangátor az állandó következő generációs szekvenálás (NGS) könyvtár előkészítésének alapja; A fragmentáció minősége közvetlenül határozza meg a lefedettség egységességét, a variáns hívások pontosságát és a könyvtár összetettségét, így minden későbbi elemzést alakítanak. Ahogy a szekvenálási platformok fejlődnek és a mintaátvitel növekszik, a laboratóriumoknak olyan eszközökre van szükségük, amelyek megőrzik a minta integritását, miközben reprodukálható fragmentumméret-eloszlásokat eredményeznek.

DNS fragmentációs technikák optimalizálása

A klinikailag releváns gének lefedettségi egységességének maximalizálása teljes genom szekvenálással

A fókuszált ultranonikus működtetők (FUA) a következőket használják BoFU-800 fókuszált ultrahangátor a Longlight Technology-tól a laboratóriumok igényeinek kielégítésére. Először tudnak laboratóriumok percek alatt NGS-re kész DNS-fragmentumokat készíteni.

Az NGS jelentősége és a hatékony DNS nyírás értéke

A közhiedelemmel ellentétben a DNS fragmentációja nem az első lépés egy feldolgozási eljárásban. Az előállított adatok minősége közvetlenül a keletkezett mérettöredékek eredménye. Az alacsony frekvenciájú variánsok megfelelő lefedettségének eléréséhez körülbelül Poisson eloszlás kell, hogy legyen. A DNS fragmentációjának elég szorosnak kell lennie ahhoz, hogy hozzájáruljon egy nagyobb sűrűségű könyvtárhoz, és a Poisson-elosztott variánsokat nem szabad összetéveszteni az alacsony lefedettségi töréspontokból eredő másolatszám-változatokkal.

Bár az enzim töredékesedésének kezdeti költsége jelentősen alacsonyabb, a szekvencia torzítás gyakoribb. Ezek a torzítások általában nagyobb eltérést okoznak az összegyűjtött adatokban. A Discovery Life Sciences által végzett számos tanulmány bizonyítja, hogy a töredékek egyenletesebb méretét érték el alacsony bemenetű FFPE mintákból származó DNS-fragmentációs nyíró módszerekkel végezve. Olyan laboratóriumi munkafolyamatokban, ahol nagyon alacsony a mintamennyiség vagy ahol a mintamegőrzés gondot ad, ez a mechanikai fragmentáció kiszámíthatósága jelentős előny.

Fókuszált DNS-nyíró ultrahangszerelő és hagyományos szonikátorok

A fókuszált DNS-nyíró ultrahangátor fókuszált nagyfrekvenciás ultrahangot alkalmaz a mintán. Ezzel szemben a hagyományos szondatípusú és vízfürdős szonikátorok szétszórt energiát használnak, és közvetlen érintkezést igényelnek a mintákkal.

Erre a rendszerre példa a BoFU-800 és a konfokális ultrahang technológia alkalmazása, ami a következőkhez vezetett.

1. Kontrollált, ismételhető fragmentáció: a csúcs és pulzusszélesség behangolható a töredezett DNS-hez, például 300-600 bp között a teljes genom szekvenálásnál (WGS), vagy 250-350 bp között a teljes exom szekvenálásnál (WES).

2. Érintkezésmentes mintafeldolgozás: nem szükséges mintákat magas minőségű, előre lezárt csövekből, fenntartott hermetikus és hermetikus zárókból kivenni a mintához, hogy biztosítsák a minta vagy bármely értékes, nukleáris anyagot tartalmazó anyag ne sérüljön meg.

3. Valódi alacsony hőmérsékletű működés: a kondenzáló rendszer magas minőségű, ami in situ izotermikus egyensúlyt eredményez endotermikus reakciók láncolata vagy a magas hőmérséklet által okozott tisztalás nélkül a mintán, amely rendkívül nagy energiakitörésnek van kitéve.

Ha a csúcsteljesítményt megfelelően kalibráljuk, akár 120-150 bp méretű töredékméretek is reprodukálhatóan érhetők el több mintán. A BoFU-800 egyszerre képes 1-től 8-ig mintát feldolgozni, függetlenül beállításokkal kútonként vagy tételi módonként, ami egy kattintással egyenletes lett – rugalmasságot biztosítva a laboratóriumoknak anélkül, hogy konzisztenciát veszítene fel.

Mintától a szekvenálásig-A könyvtár percek alatt kész

Az időhatékonyság elengedhetetlen egy forgalmas laborkörnyezetben. Egy legmodernebb DNS-nyíró ultrahangátor jelentősen javíthatja a munkafolyamat hatékonyságát:

• Csökkentett kézi munkaidő: A BoFU-800 integrált operációs rendszerrel érkezik, ami azt jelenti, hogy külső számítógép már nem szükséges, és kevesebb a munkapólia zsúfoltsága.

• Valós idejű feldolgozási rugalmasság: A szabad mód lehetővé teszi az egyes minták egyedi kezelését, míg a tételfeldolgozási mód ugyanazokat a paramétereket alkalmazza az egész tételre az időhatékony feldolgozás érdekében.

• Gyors fragmentumelemzési készenlés: A fókuszált ultrahangolás által előállított szűk és következetes fragmentumméretek megszüntetik az időigényes könyvtárkészítési lépés szükségességét.

Olyan környezetekben, ahol klinikai mintafeldolgozás és napokban, nem hetekben mért átidők számítanak, mindezek gyorsabb laboreredményeket eredményeznek. Az eszköz automatizált vízelvezetést kínál egy kattintással történő hulladékeltávolítással, beépített vízszint-érzékelővel korai figyelmeztető rendszerrel, valamint időhatékony működési ciklussal csökkenti a sorozat leállásidejét és növeli a folyamatos működési időt az alegységméretekhez.

Kompatibilitás a nehéz és alacsony szinttel-Bemeneti minták

Egy valódi DNS-nyíró ultrahangszerelő egyedi mintáfeldolgozási funkciókat használ, amikor a mintafeldolgozás nehéz. A FFPE szövetek, a folyékony biopsziák és a lebomló klinikai minták, többek között a legnehezebb és legnehezebb mintafeldolgozást jelentik, amelyek egy modern labor számára elérhetők. A hagyományos mintákivonási és nyírási módszerek nem racionálisan szállíthatók és alkalmazhatók a szélsőséges változatosság és a minta feldolgozási kihívások miatt, ami rossz és gyakorlatilag nem járó fragmentumméretekhez vagy a teljes könyvtári előkészítés meghibásodásához vezet.

A fókuszált ultrahangkezelés segít enyhíteni ezeket a problémákat. Ha ezt kombináljuk a kivonási protokollokkal, az akusztikus extrakció jobb minőségű mutatókat eredményez archivált FFPE mintákból, mint a hagyományos oszlopalapú módszerekkel. A BoFU-800 kiterjeszti a funkciót magára a nyíró lépésre is:

• Alacsony bemeneti kompatibilitás: A rendszer hatékonyan nyírja a DNS-t kis térfogatú alkalmazásokhoz, így magas visszanyerhetőséget ér el.

• FFPE szövet deparaffinizációja és DNS-kivonás: Ugyanaz a fókuszált ultrahang elv segíti a daganatszöveti blokkokból és folyékony biopsziamintákból származó munkafolyamatot.

• Kromatin nyírás ChIP-szekcióhoz: A DNS-nyírás mellett az eszköz kromatin immunrecipitációra is alkalmazható, ami funkcionális szerepet biztosít a laboratórium epigenetikai kutatásaihoz.

• A rendszer képessége, hogy levágja a rezisztens sejtfalakat és megőrizze az alátumi analitokat, növeli a filamentos gombák vagy MALDI-TOF MS hatékonyságát a Mycobacterium azonosítására.

Hogyan történik a sikeres könyvtárelőkészítés alacsony minőségű és alacsony bemenetű minták esetén?

Az egyszálú könyvtárkészítő technológia jelentősen növeli a sikerességi arányt!

A BoFU-800 kösemunkafeldolgozási és reprodukálható kimenetel funkciókészlete rugalmas megoldásokat kínál az automatizált könyvtárkészítéshez, mint a kiszámítható, végponttól végpontig történő szekvenálás alapvető eleme.

A hosszú olvasású műszerekhez 10 kbp vagy nagyobb töredékekre van szükségük, torzítás nélkül. Kutatások vizsgálták a gyöngyök használatát 10-20 kbp-es nyírás eléréséhez egyetlen molekulás szekvenálás esetén. A BoFU-800 optimalizált a 150-600 bp közötti nyírásra, de a fókuszált akusztika lehetőséget ad arra, hogy a mechanikus nyírás szekvenálással skálázható legyen.

Egy széles nyírói tartományokat lefedő DNS-nyíró ultrahangátor rugalmasságot biztosít a laboratóriumnak, hogy változatosabb alkalmazásokat is kiszolgáljon.

Következetes NGS munkafolyamat kiépítése

A genomikában a legjobb valuta a reprodukálhatóság. Sajnos minden könyvtári előkészítő módszer bizonyos technikai változatosságnak teszi ki a laboratóriumokat. Minden technológiai vállalat célja, hogy eszközeit úgy alakítsa ki, hogy a változást a minimumra csökkentse. Egy gyárilag kalibrált DNS nyíró ultrahangító (helyes szerkezettel) a következőképpen előnyös Önnek:

1. Megbízható műszerhasználat: Mivel mindegyik ugyanannyi energiát szolgált mintánként, minden ultrahangátor biztosítás egyfajta gyári kalibráció.

2. Mintafeldolgozási előzmény: Az ultrahangátor dokumentálja a feldolgozási paramétereket és feltételeket, és lehetővé teszi az operátor számára, hogy teljes kísérleti adatátláthatósághoz és auditi készenléthez férjen hozzá.

3. Az operátor változékonyságának minimalizálása: A köteges feldolgozás miatt a operátor változékonyságának kockázata megszűnik.

Ezek a funkciók nem csupán kényelmi fejlesztések; Ezek előfeltételei annak, hogy a felfedezési léptékű kutatásból szabályozott diagnosztikai alkalmazásokhoz térjenek, ahol kötelező a pártok és operátorok közötti konzisztencia.

Következtetés

A modern genomika nagyobb áteresztőképességet, alacsonyabb bemenetet és szigorúbb minőségellenőrzést igényel. Egy DNS-nyíró ultrahangító, mint a BoFU-800, percek alatt szállítja az NGS-re kész fragmentumokat fókuszált akusztikus energia, érintkezésmentes feldolgozás és valós hőmérséklet-szabályozás révén, kompakt, adagbarát kialakítással. Azáltal, hogy 1–8 minta között következetes fragmentációt tesz lehetővé, és támogatja az alkalmazásokat az FFPE kivonástól a kromatin nyírásig, a BoFU-800 segíti a laboratóriumokat abban, hogy elérjék azt a reprodukálhatóságot és hatékonyságot, amit a megbízható NGS eredmények igényelnek – kevesebb hibakeresés, több felfedezés.

Fedezze fel a BoFU-800 fókuszált ultrahangátort, és kérjen árajánlatot a következő címen www.longlight.com.

GYIK

K: Képes gyorsan levágni a BoFU-800 DNS-t az NGS-re?

V: A töredékek sebessége mintától függ. A legtöbb minta perceken belül 150-600 bp közötti céltartományra töredékez.

K: Károsodhatnak a minták a fókuszált ultrahangzás használata során a melegítés miatt?

V: A BoFU-800 igyekszik szabályozni a hőmérsékletet izotermálisnak. Így a minták nem sérülnek meg a melegség miatt.

K: Dolgozhatok mintákat különböző körülmények között egy futásban?

V: Igen. A szabad mód lehetővé teszi, hogy a 8 kút paramétereit függetlenül állítsd be, míg a batch mód ugyanazokat a paramétereket állítja be minden kútra.

K: Használható-e a BoFU-800 alacsony bemenetű mintákkal vagy FFPE mintákkal? V: Igen. A fókuszált akusztika akár 1 ng DNS-t is képes felhasználni. A zárt cső használata szintén hasznos az FFPE-ből kinyert minták megőrzésében.

K: Szükségem van saját számítógépre az eszköz működtetéséhez?

V: Nem. A BoFU-800 beépített operációs rendszerrel rendelkezik, így nincs szükséged extra számítógépre. Ezért kevesebb helyet foglal el a padon a beállításhoz.